1. Bằng chứng giải phẫu so sánh: - Sự tương đồng về nhiều đặc điểm giải phẫu giữa các loài là những bằng chứng gián tiếp cho thấy các loài sinh vật hiện nay đựơc tiến hoá từ một tổ tiên chung. 2. Cơ quan tương đồng: - Là những cơ quan nằm ở các vị trí tương ứng trên cơ thể, có cùng nguồn gốc trong quá trình phát triển phôi nên có kiểu cấu tạo giống nhau. Cơ quan tương đồng phản ánh sự tiến hoá phân li. Ví dụ: Tay của người và cánh của chim 3. Cơ quan tưong tự: - Là những cơ quan khác nhau về nguồn gốc nhưng đảm nhận những chức phận giống nhau nên có kiểu hình thái tương tự. Cơ quan tương tự phản ánh sự tiến hoá đồng quy. Ví dụ: Cánh của chim và cánh côn trùng ( cào cào, châu chấu…). 4. Cơ quan thoái hoá: Là cơ quan phát triển không đầy đủ ở cơ thể trưởng thành. Do điều kiện sống của loài đã thay đổi, các cơ quan này mất dần chức năng ban đầu, tiêu giảm dần và hiện chỉ để lại một vài vết tích xưa kia của chúng. Ví dụ: Ruột thừa ở người, mấu ở vành tai…