Bên cạnh những thành tựu, ngành giáo dục và đào tạo nói chung và sự nghiệp giáo dục và đào tạo Y sĩ tại Trường Cao đẳng Y tế Điện Biên nói riêng cũng còn tồn tại những vấn đề bất cập, yếu kém nhất định và một trong những vấn đề còn tồn tại đó là công tác quản lý giáo dục. Tại Đại hội Đảng toàn quốc khóa VIII đã khẳng định: “Giáo dục nước ta vẫn còn nhiều yếu kém bất cập cả về quy mô lẫn cơ cấu và nhất là chất lượng ít hiệu quả, chưa đáp ứng được đòi hỏi ngày càng cao về nhân lực và công cuộc đổi mới kinh tế xã hội, xây dựng bảo vệ Tổ quốc, thực hiện CNH, HĐH đất nước theo định hướng xã hội chủ nghĩa”. Để giải quyết mâu thuẫn trên đòi hỏi chúng ta phải thay đổi quan niệm, nhận thức về giáo dục, phải hướng tới chất lượng giáo dục, điều đó đồng nghĩa với việc phải chú trọng nâng cao trách nhiệm quản lý và tăng cường các biện pháp quản lý hoạt động dạy học. Do đó, ngành giáo dục và đào tạo, đặc biệt là Trường Cao đẳng Y tế Điện Biên cần cải tiến công tác quản lý đào tạo Y sỹ của nhà trường trong giai đoạn hiện nay.