Tuy nhiên từ thực tế chung của nhiều vùng trong tỉnh và cả nước, ở huyện Yên Châu quá trình CNH, HĐH nông nghiệp nông thôn còn gặp nhiều khó khăn bất cập đó là: Tình trạng sản xuất vẫn còn mang dáng dấp kinh tế tự cung tự cấp, người dân đã chú ý đến sản xuất hàng hoá, song việc sản xuất hàng hoá mới dừng lại trong việc sản xuất ra của cải như: Lúa, ngô, sắn. chè, chuối ... và các gia súc, gia cầm trâu, bò. dê, gà ... Tạo nên thị trường cung cầu không ổn định. Khi mùa đến thì dư thừa sản phẩm, không bán được hoặc bán giá rẻ không đủ chi phí sản xuất hoặc có những nơi sản phẩm làm ra bị ứ đọng gây thiệt hại cho nông dân và ô nhiễm môi trường, dẫn đến sự bế tắc hoặc bi quan trong sản xuất phát triển kinh tế ... Đây cũng là nguyên nhân mặt hạn chế trong quá trình thực hiện công nghiệp hoá, hiện đại hoá nông nghiệp nông thôn đối với huyện miền núi Yên Châu cũng như các huyện miền núi Tây Bắc.